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lncRNA測序
更新時間：2024-07-26
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廠商性質(zhì)：其他
長鏈非編碼RNA測序（long non-coding RNA sequencing，lncRNA-Seq）是一種使用特定方法降低樣本中rRNA 的豐度，對富集到的 RNA進(jìn)行文庫構(gòu)建，再對高通量測序儀產(chǎn)出的數(shù)據(jù)進(jìn)行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性獲得樣本中大部分的lncRNAs信息，對lncRNAs的類別、功能進(jìn)行深入分析，從而快速準(zhǔn)確地獲得與特定生物學(xué)過程（例如發(fā)育、**等）相關(guān) lncRNA信息。
數(shù)據(jù)分析內(nèi)容
標(biāo)準(zhǔn)分析項(xiàng)目
1) 去除接頭序列、低質(zhì)量序列，得到高質(zhì)量數(shù)據(jù)；
2) 與核糖體數(shù)據(jù)庫比對，去除核糖體RNA（rRNA）數(shù)據(jù)
3) 轉(zhuǎn)錄本組裝；
4) 鑒定已知轉(zhuǎn)錄本（包括已知lncRNA）和新轉(zhuǎn)錄本；
5) 預(yù)測新的lncRNA；
6) lncRNA定量及差異分析（需至少2個樣品）；
7) lncRNA差異表達(dá)模式聚類；
分析項(xiàng)目
基于互補(bǔ)序列的lncRNA-mRNA互作分析；
構(gòu)建重要的lncRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)圖；
網(wǎng)絡(luò)拓補(bǔ)學(xué)分析及網(wǎng)絡(luò)模塊分析；
功能富集分析；
ceRNA預(yù)測分析；
樣品要求
1.樣品類型：細(xì)胞、新鮮組織或RNA樣品。
2.樣品量：細(xì)胞樣品請?zhí)峁┲辽?×107個細(xì)胞，組織樣品請?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片，RNA樣品請?zhí)峁?0 μg以上的總RNA。
3.樣品質(zhì)量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥7。
4.樣品保存：細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護(hù)劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融。
5.樣品運(yùn)輸：樣品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰運(yùn)輸。
